Сахрана на Ловћену је одложена, због лошег времена и страховања да би скадарски Турци могли да оскрнаве ловћенску капелу, и Његош је, 21. октобра, привремено сахрањен на Цетињу, у манастиру, у гроб његовог стрица светог Петра. Тек 26. августа 1855. свечано су Његошеви посмртни остаци пренети на Ловћен. Том приликом, послушавши жељу Његошевог оца, кнез Данило нареди да се отвори Његошев ковчег (упркос томе што се по канонима не може откривати тело док не протекне седам година од смрти), надајући се да ће Његошево тело наћи целокупно, као што је било тело Петра I. Међутим, од Његошевог тела беше читава остала само десна рука.
Током Првог светског рата, аустријске снаге су из Бококоторског залива бомбардовалe капелу на Ловћену. Касније, када је Црна Гора већ била окупирана, окупационе снаге ексхумирале су Његошеве кости и пренеле их на Цетиње у ноћи између 12. и 13. августа 1916. године, са намером да се на месту Његошеве капеле изгради споменик у знак аустријског освајања Ловћена. Та намера ипак није остварена.
Обнављање Његошеве капеле завршено је 10. септембра 1925. и освећена је два дана касније. Све што је остало од старе узидано је у обновљену капелу, истог облика, величине и унутрашњости као стара. Његошеве кости враћене су на Ловћен 21. септембра 1925. (по грегоријанском календару). Ковчег са Његошевим костима у обновљену капелу, заједно са митрополитом црногорско-приморским, епископима и члановима владе, унео је краљ Александар Карађорђевић, унук српског кнеза Александра Карађорђевића и црногорског краља Николе Петровића Његоша.
Током Другог светског рата, у априлу 1942, Његошеву капелу оштетила је италијанска војска, али причињена штета није била велика.
Послератна црногорска власт донела је 1952. године одлуку да се на месту Његошеве капеле сагради маузолеј према нацртима вајара Ивана Мештровића. Планови за измештање капеле и изградњу маузолеја настављени су и после Мештровићеве смрти 1962. Упркос гласовима који су говорили да треба поштовати Његошев завет (да буде сахрањен у црквици коју је подигао), ловћенска капела је порушена до темеља крајем шездесетих година и од 1974. на њеном месту стоји маузолеј.
